2000年8月 14日，吴世海被昭觉“610”非法劳教1年，送到四川新华劳教所。在劳教所里，受到管教指使的犯人的强行超极限罚跑、站军姿等体罚，导致休克多次。每天从早上一直站军姿到夜2点钟，有时甚至通宵。还受到警绳捆、电棍击、灌食等各种折磨。后因他炼功、抗工等被延教4个月，于2001年12月16日出狱。

2003 年1月15日，吴世海再次被非法送新华劳教所，非法劳教2年，由于吴世海坚决不“转化”，2003年4月被新华劳教所送到绵阳第三人民医院（精神病院），注射有损神经中枢的药物，强行吃药，致很长时间行动迟缓、反应迟钝，面部肌肉呈轻微面瘫状，流口水、麻木等。 2004年8月出狱。

2005 年4月6日，吴世海因向学生讲法轮功真相，被当地“610”系统抓捕、抄家。27日昭觉县公安局对他发出“逮捕通知”，“罪名”是“利用×教组织破坏法律实施”。他被抓捕后，遭到残酷迫害，直至送进医院急救。不久后吴世海被昭觉县法院非法判刑，并被送到四川德阳监狱遭受迫害至今。

在德阳二监区，吴世海被毒打得遍体鳞伤，说不出话来，走路非常困难，每天点名报数多少次，吴世海就被折磨多少次。把他拖进抬出，高高抬起砸在地上，而且还要让多人暴打，经常不给饭吃。他被加戴刑具脚镣、手铐，关在禁闭室，只准穿一点点衣服，被褥也很少。在寒冷的冬天睡在地上。吴世海现已被迫害得精神失常，不知冷热，生活长期不能自理。

2006年7月12日13时许，吴世海再次被毒打。犯人张涛，因杀人被判死刑，缓期二年执行，且有间歇性精神分裂症。张涛在犯人向攀等人的教唆下，和其他犯人一起，多次殴打法轮功学员吴世海。7月12日13时许张涛用木凳猛击吴世海的头部，致使吴世海牙齿被打掉二颗，嘴、下颌多处裂伤，在医院缝合了20多针，伤残鉴定为10级。