见他还是不肯屈服，就又想出更残忍的办法。那个一百八十多斤重的罪犯坐在他吊在半空的右腿上，另一个人往外拽左腿，当时万晓辉身体痛苦得很难用语言描述。在小号中，他曾被罚站三天三夜不让睡觉。

在一次接见日，他告诉家人“他正在挨打”一句真话，狠毒的苑龄月马上将他连推带打。使他的眼睛碰在了桌子角上，当时就睁不开了，接着抽搐着昏死过去。等大夫来检查时，警察撒谎说是他自己撞的，然后把他抬进小号。由于长期受到迫害，他身体虚弱，已不能站立。
当天狱警韩建华值班，她亲自动手叫了个犯人把万晓辉拖起来，穿着半高跟鞋不让任何人看见偷着踩在他的左脚上，又把他胳膊吊起来，双腿绑在铁栏杆上，到了第二天八点才放开。这期间对万晓辉不间断的毒打。专朝心脏、头部、脚骨打，还将他牙齿打断了一颗。十四天不让万晓辉睡觉，致使万晓辉大腿的皮肤肿得一碰就破，即使这样，还逼着他蹲着。五十六天后才被放出小号。

二零零四年四月份，万晓辉从二中队调到三中队。期间因不向管教问好，多次被狱警徐丽丽打耳光。因为他始终不肯放弃自己的信仰，最后就被体罚干重活，晚上收工回来，不让睡觉，穿筷子到下半夜。因他撕掉室内挂着的三张诬蔑法轮功的标语，狱警徐丽丽再将他关进小号。值班的狱警万亚琳叫两个犯人把他上挂墙。就是将人吊在两窗中间的墙上，两只手挂到窗栏杆上，抻到最高处，用铐子铐住。时间不长，人就累的身体往下垂，手铐就会越来越紧，陷到肉里去，血管也不通血了。四天后警察才将他放下，上厕所时他的胳膊已经不会动了，腿也站不住，需要人架着，至今手上都有疤痕。有个遭受同样酷刑的法轮功学员，出了小号就成了半残，生活一直不能自理，表面还看不出伤来。即使这样，万晓辉还是不肯放弃信仰。

九天后他被放出了小号，又回到二中队。