二零零一年五月十一日，程佩明在鸡冠区公安分局遭受长达三十多小时的酷刑。五月十三日被送到鸡西市第一看守所，非法关押至二零零二年四月十日。一进看守所，程佩明就被关进小号。警察教唆罪犯毒打程佩明，程佩明绝食抗议迫害。副所长张义定时连续三天用电棍电他，专门电小便和嘴，致使程佩明小便失禁，全身被电棍打的蜡黄。警察还给程佩明戴上最大的脚镣、手铐、夜里睡觉都戴着。副所长张义叫罪犯用非常臭的袜子塞到程佩明的嘴里，往脸上吐痰。还有一个警察叫罪犯把程佩明拉到铁窗前上身扒光，抓起四、五斤的大猫往程佩明身上扔，猫爪子抓得他上身血肉模糊。

二零零二年四月十日至二零零四年七月一日，程佩明被关押在哈尔滨集训队。这期间警察为强迫法轮功学员放弃修炼，把多名学员关小号，在小号里戴六十斤的铁镣子，用手铐子锁在地环上。

二零零三年一月十五日，警察林波、董志民、张久珊把程佩明关进小号。程佩明绝食反迫害。警察指使犯人张勇用长毛巾把他的嘴勒住，用手指弹他的眼睛，捏睾丸，抠肋骨，踢前后心，抠后脊梁骨缝，用脚踢头部。倪杰、张晓峰踢他的两侧软肋，掰他的手指。程佩明两耳同时被警察、犯人拳脚毒打。警察还抠他的锁骨，使他半个臂膀发麻，极其痛苦。就这样，警察伙同犯人用残忍手段摧残他数小时。程佩明被殴打的要呕吐，因为嘴被毛巾勒着没有吐出来，流进胃肠里。夜里警察一看程佩明生命垂危，只好送医院进行抢救。

二零零四年七月程佩明被转入大庆监狱继续迫害。在小号中，他被上大挂、殴打，致头部、手臂重伤，头部伤口二公分，手臂伤两处长达三公分。十一月十六日晚程佩明被送到市医院，由于在小号流血过多，在市医院左肋开刀刀口长达三十公分，共缝一百多针，皮表面缝四十六针。住六天医院回大庆监狱，仍被关小号戴刑具手铐脚镣，嘴里塞木棍子。

二零零五年五月，程佩明因坚决不穿囚服，遭到警察潘绍林指使犯人殴打，被五花大绑好几天，在捆绑中程佩明身上上次做手术后留下的刀口被抻开。潘绍林私下告诉值班犯人趁程佩明上厕所，用绳子勒死他，就说是自杀。值班犯人没干，便因此被踢出病犯监区。后来，程佩明被迫害成开放性肺结核，监狱不但不放人，仍然把他关入小号。

二零零六年一月二十六日，监狱长王永祥亲自动手殴打法轮功学员姜德荣、贾生辉、孙健彬、王宇东、金生等人，并把他们关押小号折磨迫害。许多法轮功学员绝食抗议。程佩明这次已经绝食三十六天，生命垂危，灌食已灌不进去，被送医院抢救。后来程佩明从医院走脱。